关于匈奴来源，司马迁在《史记·匈奴列传》中记载的很清楚，认为是夏朝之后，华夏一个分支。
匈奴，其先祖夏后氏之苗裔也，曰淳维。唐虞以上有山戎、猃狁、荤粥，居于北蛮，随畜牧而转移。逐水草迁徙，毋城郭常处耕田之业，然亦各有分地。
只是在西迁过程中，融合了月氏、楼兰、乌孙、呼揭及其旁二十六国人种，形成了一个新种族匈奴。对于司马迁这一结论，千百年来人们深信不疑，然而现代DNA检测，却颠覆了这一结论。
DNA 的解释
2003 年至 2007 年，法国遗传学家克莉丝汀·凯塞-特拉基（Christine Keyser-Tracqui）就蒙古国北部发现的匈奴贵族墓葬做了一系列分析。
她选取墓葬所在地今日当地人、现代蒙古人、现代雅库特、现代安纳托利亚土耳其人，比照他们与古代匈奴人的 Y 染色体、线粒体、常染色体的 DNA，发现现在蒙古人与古代匈奴人的相似程度最高，进而认为，现代蒙古人是古代匈奴人的后裔。
十年后这个研究被当作新闻风靡于中文网络
然而，轰动一时的中文网络，却忽略了克莉丝汀·凯塞-特拉基的研究细节：在 46 个匈奴个体中有 3 个的单倍型组为 U，这是一个欧洲类型。这说明，匈奴并不是单一民族实体，而是一个草原部落的联合体，东西草原的黄、白人种，都曾被统合在强大的匈奴统治之下。
这是否意味着，「匈奴人西迁」是错误的历史，北匈奴的遗传后裔并没有离开北亚草原，而是演变成了今天的蒙古人？
答案当然是否定的。
分子人类学长期面临的一个问题就是，单一地区墓葬的 DNA 研究，能不能代表整个族群？法国学者采用的 Egyin Gol 地区匈奴墓葬中少量的欧洲单倍型 U 的存在，就表明匈奴的组成并非一个血缘纯正的族群。现代蒙古人显然难以继承如此多样化的族群组成。
东亚的汉、朝鲜、蒙古、满、鄂温克、日本六个人群的 Y 染色体单倍群类型比较，任何一个人群都不只有一种的单倍型。传统社会的组织基础——亲属制度，并不是一个纯生物性血缘制度。
当然，这里必须对匈奴做一个区分。根据匈奴墓葬的文化和NDA分析，南匈奴和北匈奴有很大不同。北匈奴起源于蒙古国的石板墓文化，其Y染色体大多数是R、J、E等，和西亚、中亚、东欧民族具有很大的联系；南匈奴起源于鄂尔多斯文化，其Y染色体主要是O3和C2，其中O3比例很高，而汉族的主体就是O3。
在匈奴汗国分裂后，北匈奴的贵族继续与汉为敌，最终西迁，和中亚、东欧的民族融合，形成了匈人；而南匈奴则选择依附于汉朝，继续居住在漠南（河套）一带，成为了汉朝的子民。魏晋时期，南匈奴进一步南迁到了山西一带，成为“五胡乱华”中的先锋。北魏建立后，大量的匈奴部落融入了汉族。对南匈奴后代的呼延、呼、慕容、尉迟、赫连、宇文姓氏的DNA测试结果显示，其O3占据主导。
匈奴虽然作为一个民族消失了，但其文化习俗仍部分保留下来了。以现在主要流行于蒙古国、俄罗斯以及中国的内蒙古与新疆的“胡笳”为例，胡笳虽为匈奴乐器，但其传播、继承却早已超出了匈奴。
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